名偵探柯南漫畫主線話數如下: 第1話: 名偵探柯南的真相 第2話: 小學生的可疑行為 第3話: 黑暗組織的眼睛 第4話: 柯南VS基德 第5話: 神秘乘客 第6話: 目標是小五郎 第7話: 偵探們的夜話 第8話: 白色巨塔 第9話: 絕密的任務 第10話: 追蹤者 第11話: 法庭的謎團 第12話: 犯罪的疑團 第13話: 城市之光 第14話: 名偵探柯南 滿月之夜的二元神秘事件 第15話: 柯南與平次的推理 第16話: 迷宮的十字路口 第17話: 目標是小五郎 第18話: 偵探們的激斗 第19話: 絕密的委托 第20話: 沉默的羔羊 第21話: 追蹤消失的鉆石 第22話: 小學生與大偵探 第23話: 黑暗組織的行動 第24話: 小五郎的推理 第25話: 偵探們的 K 計劃 第26話: 追蹤犯人的方法 第27話: 名偵探柯南 同時進行的推理 第28話: 紅色的滿月 第29話: 生死一瞬間 第30話: 推理的激斗 第31話: 柯南的解決 第32話: 絕不能絕不能忘記的事情 第33話: 黑暗組織的影子 第34話: 世紀末的魔術師 第35話: 目標是小五郎 第36話: 偵探們的推理 第37話: 推理的對決 第38話: 偵探們的戰栗 第39話: 絕望的追蹤 第40話: 名偵探柯南 真相的探究