歲月如梭，光陰似箭，不知不覺便是3年過去，如今已是木葉47年。

　　木葉與巖隱的戰爭進入尾聲，這3年期間，在波風水門和木葉援軍不懈的努力，以及忍者們犧牲自我也要保護家園的信念，局勢已然逆轉，木葉壓倒巖隱，處于上風。

　　而作為雙方戰爭的犧牲者，在神無昆橋戰役宣告死亡的宇智波帶土緩緩睜開了雙眼。

　　昏暗的光暈在眼中閃過，接著洞窟的天花板映入眼簾。

　　正當帶土大腦開始運轉...