阿布基爾海戰結束了，這場戰爭導致法國的海軍幾乎全軍覆沒。
其實，這件事拿破侖是有安排的。他早就寫信給布律埃斯伯爵，讓他把艦隊停靠在科基拉島一帶，海軍在那兒更安全，同時還能威脅君士坦丁堡（或者可以叫土耳其的首都伊斯坦布爾）。但是，傳令兵趕到時，阿布基爾灣的艦隊已經全完了。
拿破侖聽說此事后非常痛苦。但是他寬容地評價說：“即使布律埃斯在這場災難中犯過錯誤，但是他光榮的犧牲，也足以彌補他之前的過失了。”
但可惜的是，這時拿破侖面臨著一個很大的問題，但是他沒有意識到。他給布律埃斯的遺孀寫了一封誠摯的信，表達了他的悲痛。他說：“我深深地感受到了你的悲傷，永別愛人實在是太殘忍了。我們的身體感受到深切痛苦的迸發，靈魂只是在扭曲一切的噩夢中與宇宙交心。”當然，這是拿破侖非常詩意的寫法，我也沒看懂是什么意思。
這封信他寫完后估計也送不出去，這就是拿破侖要面臨的麻煩：此時納爾遜正在封鎖埃及，拿破侖想外送信還是挺難的，這也意味著他與法國徹底斷了聯系。
要知道他此時心情也很壞，上個月他才知道約瑟芬給他戴綠帽子，此時又見到自己的戰友、海軍將軍去世。他把自己心里的那種委屈，在信中發泄了出來。
當然，拿破侖也向督政府進行了匯報，但是他依舊篡改了數據。拿破侖說，他們一共才死了800人，是不足為慮的傷亡。但事實上法軍這次死了2000多人，其中一大半都是“東方號”上的水手，同時還有1000多人受傷。法軍這次絕對是慘敗的一次。
但是，相比他個人的憂慮，拿破侖更憂心的是當時手下的士氣以及整個埃及的動蕩。因為這一次，阿布吉爾的災難不僅切斷了他跟法國聯系，引發了他與法國國內的一種失聯狀態。更為重要的是，他的資金很困難，因為之前他從馬耳他獲得的六千萬法郎就在“東方號”上，這一次全部沉到了大海中。
拿破侖此時主要的工作重心在于爭取埃及當地民心，同時鎮壓當地叛亂。他給自己的參謀長貝爾蒂埃寫了八封信，有一封就寫道：要求貝爾蒂埃對于當地的叛亂要非常嚴厲地鎮壓。在反叛的達曼胡爾鎮要殺雞敬猴，包括將五個最具影響力的本地居民斬首，并且這五個人中至少得有一位律師。但是他一般會用鼓勵和寬恕的手段來調和這種嚴厲的措施。
當時，開羅、羅塞塔、亞歷山大港等地方的埃及總教頭領：伊瑪目們借口資金匱乏，政局不穩，不想慶祝至圣誕辰。但是正如法軍將領德隆所說，他們的真實目的是想欺騙民眾，讓民眾認為是法國人反對他們的宗教才沒有慶祝至圣誕辰。拿破侖得知此事后，堅決負擔一切費用，盡管他的手頭非常緊，但是在8月20號，慶典照常揭幕。節慶期間掛懸彩燈，寺院里樂音飄飄，詩聲朗朗，各種表演非常熱鬧。拿破侖當宣稱他是穆罕默德最為尊貴的子民，但是在埃及人民中并沒有起到什么作用。
同時，他還在埃及創立了埃及學院，任命法軍學者：蒙日為院長，拿破侖則親任副院長，學院總部位于開羅郊區，地址原是法老卡西姆的宮殿，這個宮殿足以安置他的圖書館、實驗室、車間、古董藏品乃至野生動物園。
就在這時，德賽征服上埃及（即埃及南部）獲勝回來了。各種石頭或珍寶被他送到巴黎，羅塞塔和亞歷山大只要能運走東西，它們都會被運到法國的盧浮宮。要知道，現在法國協和廣場門口的方尖碑，就是從當時的埃及運過來的。
拿破侖為了防止土耳其人對其宣戰，特地與土耳其大帝請求和約，但是失敗了。就從這個時候開始，危機來了。
8月20號，也就是至圣誕辰慶祝的那一天，拿破侖聽說一支土耳其軍隊在敘利亞集結，準備來襲，他需要前去迎敵。
當天晚上，開羅全城燈火通明，埃及人還在慶祝。借著“慶祝至圣誕辰”這一幌子，開羅居民突然爆發了起義——這是一次有預謀的內外勾結！他們想把拿破侖趕走。
次日上午，開羅城中大部分地區公開起義。法國駐埃及總督：多米尼克·迪皮埃將軍在街上被埃及人一矛刺死。拿破侖的15名私人警衛也遇難，他們尸體甚至被丟去喂狗。這時候，跟拿破侖來的八名副官中四人被殺，兩人受重傷。埃及人還弄沉尼羅河上不少的法國船只，導致支援部隊只能步行。
埃及反叛者占據的開羅最大的寺院之一：大清真寺，并把它作為叛軍總部。有人傳謠言說，死去的迪皮埃實際是拿破侖本人。
這時候，更為恐怖的事情發生了：到底拿破侖是不是還活著，法國人也開始有流言。
此時，拿破侖要干的事便是恢復法國人的信心。他立刻上馬，帶了30名向導和近衛擲彈步兵團，浩浩蕩蕩地沖進了開羅。他用鐵皮喇叭向所有人大喊：“我還活著，你們趕緊停止抵抗！”
平叛開始了。
開羅城的城墻有十英尺高，高高在上。拿破侖立刻下令占領城墻，居高臨下攻擊城市內的叛軍。他還用八門火炮轟擊敵軍的臨時要塞，炮轟了36個小時以上。之后，他毫不猶豫地把霰彈（即之前他平定保王黨叛亂時用的霰彈）射入當時作為總部的大清真寺內，之后讓步兵猛攻寺院并破壞了它。
2000多名反叛者戰死，更多人被處死。拿破侖下令把抓到所有的武裝反叛者斬首，并拋入尼羅河。尸體隨河漂流以來恐嚇其余的埃及人。叛亂者的腦袋被裝進口袋里，運到了開羅中央的大廣場。拿破侖要用敵人腦袋筑成一座山來威嚇敵人，展示武功。這種恐懼是無以言表的。但是，必須承認一點，這招很管用，很長時間內保證了埃及的安定。這也沒辦法，他不得不用嚴刑酷法來保證法國人在埃及的安全。
但是，別忘了，這不是普通的叛亂，而是有預謀的內外勾結。土耳其的大軍，正在從敘利亞來的路上呢……