月明星稀，被城市包裹的真新鎮(zhèn)出奇的熱鬧，每個(gè)孩子都期望著自己明天可以拿到心儀的神奇寶貝，然后參加比賽，和自己的伙伴一起并肩戰(zhàn)斗，成為神奇寶貝大師，登上殿堂！
就在這時(shí)，一到微弱的光芒，從天際而來(lái)，迅速來(lái)到一座古樸的房子，鉆了進(jìn)去，進(jìn)入了正在睡覺的小男孩身體當(dāng)中。
房間的地上散落著卡比獸的娃娃和鞋子，房間里擺放著神奇寶貝的各種飾品，蚊香蝌蚪的轉(zhuǎn)筆刀，皮皮樣式的存錢罐、超音蝠風(fēng)鈴，小火龍、妙蛙種子和杰尼龜?shù)暮?bào)掛在墻上，可見這家的主人是多么喜愛神奇寶貝。
“叮鈴鈴”“叮鈴鈴”，一陣悅耳的鈴聲滴滴答答的從雷電球鬧鐘傳了出來(lái)來(lái)，睡夢(mèng)中的小智正沉浸在選擇神奇寶貝的對(duì)戰(zhàn)中，模糊之間摸到了一個(gè)“精靈球”，“就決定是你了，去吧！杰尼龜！”，只看見小智把雷電球鬧鐘丟了出去，鬧鐘被扔到了房間的墻角，摔得粉碎，當(dāng)然睡夢(mèng)中的小智還不知道這些。
太陽(yáng)還沒升起，可是空氣中卻早已彌漫著破曉時(shí)的寒氣，路邊的草叢也以掩蓋上灰色的露珠，早起的嘟嘟站在房頂上高囀著歌喉，仿佛實(shí)在叫醒著這個(gè)小鎮(zhèn)的人類。
刺眼的光芒射進(jìn)了小智的房間內(nèi)，照射在了小智的臉上，在睡夢(mèng)中的小智也漸漸地睜開了迷糊的雙眼，刺眼的陽(yáng)光迫使小智從睡夢(mèng)中醒來(lái)，清醒來(lái)的小智看了眼窗外，天已經(jīng)完全亮了，意識(shí)到大事不好的小智，來(lái)不及穿衣服，穿著睡衣登登的下了樓梯。
“小智，吃過早飯?jiān)偃グ桑 保瑒傁聵翘莸男≈锹牭搅藡寢尰ㄗ拥穆曇簦丝绦募比绶俚男≈悄倪€有時(shí)間去早飯，回了一聲就趕忙的跑出了家門，花子在小智走后來(lái)到小智的房間，替小智收拾好旅行的行李“真像你啊！”，花子用細(xì)微的聲音感嘆道。
此刻的小智正狂奔著趕往大木博士的研究所，還慶幸著能夠得到自己喜歡的神奇寶貝。
......氣喘吁吁的小智來(lái)到大木研究所，看到一個(gè)綠色頭發(fā)，身高和小智差不多的人，此人正是小智心中的勁敵小茂—大木博士的孫子，看到小茂拿著神奇寶貝球，正準(zhǔn)備出發(fā)的小茂走過來(lái)，高傲的嘲諷了小智，便在眾多小姐姐的擁護(hù)之下開著跑車開始了旅行。
身后漸漸有腳步聲傳來(lái)，小智隨意的回頭看，滿頭白發(fā)，穿著白色的工作服，身上還有淡淡的煮方便面的味道，這人小智再也熟悉不過，正是神奇寶貝研究界的權(quán)威大木博士！
“哎？這不是小智嗎？”“大木博士，快給我神奇寶貝啦，我也要去旅行”，“神奇寶貝？可是我只準(zhǔn)備了三只啊”，小智好像沒有聽到最后一句話，便拉著大木博士大木研究所去拿到自己的神奇寶貝。
來(lái)到研究所，小智迫不及待的打開放在臺(tái)子上面的精靈球，打開精靈球，小智發(fā)現(xiàn)里面什么都沒有，沒有沮喪的小智又打開剩下的精靈球，同樣發(fā)現(xiàn)都沒有自己所期待的出現(xiàn)，沮喪的小智如同霜打的茄子一樣萎靡，“早知道昨天晚上劉不應(yīng)該看到很晚的精靈大賽。”
“神奇寶貝，還剩下一個(gè)，不過這個(gè)孩子可不怎么聽話”，話音剛落，之間大木博士從身后拿出一個(gè)紅白相間的精靈球神秘的一笑，將精靈球交給了小智，小智也沒做他想，接過精靈球后直接打開，“噼里啪啦”，橘黃色的電光在研究所肆虐，在電光中可以看到一只矮胖矮胖、全身都是黃色的神奇寶貝，看上起非常可愛，不過此刻它的表情可不是這么友善。
“這是電氣鼠神奇寶貝——皮卡丘！”大木博士在旁邊為小智介紹這只神奇寶貝的數(shù)據(jù)，但是沉浸在獲得第一只神奇寶貝的小智全然沒有聽到大木博士的話，看著矮萌矮萌的皮卡丘，小智忍不住伸出了想要摸皮卡丘的手，一旁的大木博士還在講，看到了小智想要伸出的手大驚失色
“住..”，“啊啊”，“手”字還沒說(shuō)出口，小智已經(jīng)摸到了皮卡丘，被摸的瞬間皮卡丘臉上的黃色的電力袋突然放電，小智與大木博士當(dāng)然不可避免的被迫做了個(gè)電療。
“這只神奇寶貝的脾氣有些暴躁，你要得到它的認(rèn)可，才可以指揮”，差點(diǎn)被電成焦炭的大木博士仍不忘給小智做講解，“大木博士你怎么不早一點(diǎn)說(shuō)啊！”
同樣燙了個(gè)爆炸頭的小智在抱怨著大木博士，我說(shuō)你也得聽啊，大木博士將工作臺(tái)上的神奇寶貝圖鑒交給了小智，并給小智介紹了圖鑒的用法與功能，心里無(wú)奈的大木博士送著抱著皮卡丘的小智出了研究所。
早已在研究所等待抱著綠色旅行包的花子和諸多鄰居，看到大木博士和小智的出現(xiàn)，花子仿佛早就知道了小智第一只神寶貝是皮卡丘似的，對(duì)著小智說(shuō)了幾句關(guān)心的話，有摸了摸皮卡丘，小智還來(lái)不及阻止，在皮卡丘的愛之下，眾人都不出意料的做了個(gè)電療。
接過背包的小智在研究所換旅行的衣服，戴上那只全球限量款的帽子準(zhǔn)備旅行，準(zhǔn)備讓皮卡丘進(jìn)入精靈球，但是皮卡丘直接一尾巴把精良球給打飛了，“看來(lái)這只皮卡丘對(duì)精靈球有著抗拒”，站在一旁的大木博士若有所思的說(shuō)道。
面對(duì)這種情況，大木博士也沒有什么好辦法，只有等精靈正式認(rèn)可訓(xùn)練家才可以指揮，萬(wàn)般無(wú)奈之下，無(wú)奈的小智用繩子將皮卡丘與自己用繩子綁在了一起，開始了旅行！......真新鎮(zhèn)外，隨處可見的神奇寶貝在這生活，在天上飛的波波，水邊的鯉魚王等，還有許許多多的神奇寶貝，道路上的小智正吃力的拉著皮卡丘，看著皮卡丘不情愿的樣子，小智都哭了，出來(lái)的半天還沒有收服到其它的神奇寶貝，都是因?yàn)檫@只皮卡丘不愿意聽自己的指揮。
準(zhǔn)備停下休息的小智看到對(duì)面的草叢有一個(gè)模糊的鳥類身影，內(nèi)心興奮地小智將大木博士給的精靈圖鑒拿了出來(lái)，對(duì)準(zhǔn)那只鳥類的神奇寶貝“波波，空中的寶可夢(mèng)是飛行的寶可夢(mèng)中個(gè)性最溫和，最容易捕捉的。是寶可夢(mèng)訓(xùn)練家初學(xué)者小試身手的最好目標(biāo)。”
“最適合初學(xué)者的寶可夢(mèng)啊！”，看到圖鑒介紹的小智準(zhǔn)備去捕捉波波，但是皮卡丘又不聽話，沒辦法的小智只有自己親自上場(chǎng)，小智看了看四周，沒發(fā)現(xiàn)其它的寶可夢(mèng)，匍匐前進(jìn)，就在小智快要離波波不遠(yuǎn)時(shí)。
正在捉東西吃的波波眼神一咧，看到了小智，隨機(jī)雙腳抓地使出了飛沙腳，無(wú)數(shù)的傻砂子撲向了小智，正在匍匐在地的小智被砂子埋了個(gè)正著，一旁觀戰(zhàn)的皮卡丘“皮卡皮卡”的笑著小智。
起身的小智，拍掉身上的砂子，看向走遠(yuǎn)的波波，又扭頭看向正在嘲笑自己的皮卡丘，“我一定會(huì)抓住它的。”
小智有重新開始捕捉波波但都是以失敗和告終，而且小智的食物也被小拉達(dá)給偷走了不少，皮卡丘看到小智狼狽的樣子捂著肚子在樹上“皮卡皮卡”的笑著。
小智又看到模糊的“波波”的身影，生氣的小智抓起地上的石子，往那個(gè)方向扔了過去，“碰”砸了個(gè)正著，類似波波的鳥類寶可夢(mèng)頭頂上鼓了個(gè)大包正盯著小智，小智發(fā)現(xiàn)這不是剛才的那只，又拿出圖鑒“烈雀，小鳥寶可夢(mèng)烈雀很易怒，但凡有人侵犯它的領(lǐng)地，它就會(huì)貌不猶豫的攻擊，在它感覺到敵人來(lái)了的時(shí)候，它會(huì)發(fā)出非常尖銳的叫聲。”
感到不妙的小智還沒反應(yīng)過來(lái)，變看到烈雀向自己沖了過來(lái)，小智連忙往大樹方向跑，撲倒在地，躲了過去，起身的小智拿起自己的背包與烈雀開始了爭(zhēng)斗，幾個(gè)回合下來(lái)烈雀并不能奈何小智，于是便把目標(biāo)轉(zhuǎn)向了樹上的皮卡丘，“唧！唧！”。
尖叫著沖向了皮卡丘，皮卡丘小心的躲了過去，卻一不小心的踩空了樹枝，兩只小爪子緊緊抓住樹干，一旁的小智也是著急，向烈雀叫喊著攻擊自己，眼看下一次攻擊就要到了，皮卡丘情急之下使用了十萬(wàn)伏特。
被擊中的烈雀發(fā)出了一聲慘叫，滿身焦黑的烈雀憤恨的看向小智與皮卡丘，往森林身處大叫了一聲，頃刻間無(wú)數(shù)黑影鋪面而來(lái)，當(dāng)它們飛進(jìn)的時(shí)候皮卡丘和小智發(fā)現(xiàn)這些黑影全都是烈雀！
小智和皮卡丘相互對(duì)視一眼，隨后開始了逃跑，烈雀群在后面緊追不舍，小智與皮卡丘馬不停蹄的向前跑，路邊的寶可夢(mèng)見狀紛紛都跑的遠(yuǎn)遠(yuǎn)地。
小智回頭一看只見到烈雀群的速度加快了許多，小智與皮卡丘就快要落入到烈雀的包圍圈中，“皮卡丘，加油啊!我會(huì)救你的”，皮卡丘絲毫不理會(huì)，四只小短腿的速度又加快了許多。
“碰”的一聲，烈雀群展開了攻擊，鋒利的鳥喙與翅膀撞擊在小智的肩膀上，小智腳下一個(gè)踉蹌差點(diǎn)摔倒，更多的烈雀朝著皮卡丘攻擊，不一會(huì)皮卡丘的身上就布滿了痕，“住手啊！烈雀！”看到皮卡丘被烈雀群圍攻，小智忍不住的沖了過去，將圍皮卡丘最近的幾只烈雀撥開，抱住皮卡丘傷痕累累的身體拔腿就跑。
跑到了一處懸崖邊上，小智心一橫，把帽子一歪，抱著皮卡丘的雙手更緊了，小智跳了下去......