在第三次忍界大戰徹底爆發后，長期活躍在戰爭前線的神原真司，修煉時間大幅減少。

　　導致沸遁的開發也用了一年半的時間才完成，塵遁的開發更是遙遙無期，沒有絲毫進展，被他無限期擱置了。

　　不過相對應的是，神原真司因為戰功而早卡卡西一年被村子破格提拔成為了上忍，一個僅十歲就名噪一時的天才上忍。

　　這幾年里，在砂隱戰場上，神原真司直面了同為灼遁血繼忍者的葉倉，第一次在人前使出了他所擁有的第二種血繼限界，炎遁。

　　與葉倉平分秋色的一戰，加深了神原真司對灼遁的領悟，讓他的實力更進一步，更讓他有了炎灼使的名號。

　　在云隱戰場上，神原真司旁觀了金色閃光對戰云隱AB組合之戰，第一次近距離目睹了忍界巔峰忍者之間的戰斗，讓他對于飛雷神之術這個時空間忍術更加渴望了。

　　除此以外，為報卯月真咲手臂被廢之仇，神原真司還主動挑上了云隱磁遁忍者特洛伊，在戰場上將其一舉擊殺。

　　將碰觸到的東西磁化，再通過磁化物品的接觸將磁性轉移到敵人身上，讓敵人身體磁化，再借由磁性攻擊敵人，使敵人無法躲避的磁遁·磁化之術，根本奈何不了神原真司。

　　必中的方片手里劍也就只能對付一下普通忍者了，對已經開發出磁遁的神原真司來說，特洛伊使用的所有攻擊都是徒勞的。

　　特洛伊運用磁遁的方式太過拉胯，無論是砂鐵，砂金，還是砂子，都遠勝他所謂的磁化手里劍。

　　四大自然力之一的磁力的真正威力可不止這一點，只可惜神原真司自身文化程度和知識儲備不夠，無法深入運用磁力。

　　不過即便如此，只要神原真司肯花費一定的時間去開發自身的磁遁，未來就可以在磁遁上輕松強過忍界其他磁遁忍者。

　　單身出陣的神原真司，炎遁與灼遁并用，輕松的完成了一場碾壓式的戰斗，特洛伊四人小隊更是被他全數擊殺，這一戰后，他便被村子破格提拔為了上忍。

　　隨即而來的是神原真司在黑市懸賞金的提高，一個還沒完全成長起來的少年天才，在黑市的懸賞是高過他本身的身價的。

　　之后神原真司更是與波風水門、秋道丁座，以及原小隊隊長油女志微一起，頻繁的執行A級和S級的任務。

　　期間神原真司參與了封印了樓蘭古國的龍脈封印，但過程中卻沒有遇到時空來客，水門父子也沒有相遇，這一點他能確認，因為他事后查看過記憶沒有被封印的情況。

　　在草之國的對巖隱戰場上，與波風水門一起前去支援木葉前線防御部隊的神原真司，第二次遇到了爆遁狩。

　　今非昔比的神原真司輕易結果了曾經叫囂要結果他，卻被他廢了左臂的爆遁狩，還消滅掉了爆遁狩率領的一整支巖隱爆破小隊，及時為僅剩四人的木葉前線防御部隊解了圍。

　　神無毗橋之戰后，接到野原琳求援的神原真司，還從巖隱精銳部隊的包圍中，救下了留下斷后，拖延時間的卡卡西和邁特凱兩人。

　　也就是在這一戰中，卡卡西以千鳥切斷了巖隱忍者發動的大范圍攻擊術式所制造出來的雷電，讓千鳥有了雷切之名，在這之后沒多久，木葉與巖隱的戰爭便徹底結束了。

　　木葉歷四十六年，由于金色閃光波風水門在前線的突出表現，以大野木為首的巖隱高層抽調千名忍者，穿過草忍者村對木葉進行突襲計劃遭到遏制。

　　在神無毗橋一戰失利，補給線被以金色閃光波風水門為首的小隊切斷后，面對砂隱介入的巖隱，只好選擇了和木葉和平談判，結束戰爭。

　　當然這里面也有猿飛日斬認下了承認巖隱活動，放棄戰后索賠權力的合約的原因。

　　也正因為此，為了對在戰爭中犧牲的木葉忍者負責，同時迫于木葉高層志村團藏的壓力，全面承擔責任的猿飛日斬才主動退位，辭去了三代目火影的職位。

　　不肯輕易放手大權的猿飛日斬，在與大名的會議上，直言自己的得意弟子大蛇丸眼中藏有惡意和野心，拒絕了讓大蛇丸擔任火影，隨后提名徒孫波風水門接任他的位置，提名也順利的通過了。

　　得知消息的大蛇丸，與志村團藏一致認為猿飛日斬此舉是把波風水門當做傀儡，師徒一同掌控木葉。

　　從結果上來看，猿飛日斬在退位后依舊把持著極大的權力，暗部沒有移交給波風水門，而是讓水門自行組建直屬暗部。

　　政務方面就更不用說了，以波風水門經驗不足需要指導為由，從卸任到九尾之亂，猿飛日斬一直都沒有放手政務。

　　當然這些政治上的事情和神原真司沒什么關系，戰爭結束給他也帶來了不少的好處，除了修行時間的變多之外，也方便了他學習村子所擁有的高級忍術，乃至部分禁術。

　　在木葉，完成高級別的任務是可以申請學習新的忍術的，去執行有些特別危險的任務時，村子還會提前將忍術預支。

　　猿飛日斬在位時，神原真司很少用功績來換取新的忍術，只換了幾種B級的五遁術，大部分功績都積攢了下來。

　　一來他是為了積攢更多功績換取更高級的忍術，二來是他認為不是提出學習如飛雷神這種禁術的時候，因為猿飛日斬不一定會同意，而且如果因此暴露了野心就不值當了。

　　四代目波風水門剛繼任沒幾天，神原真司便前往火影辦公室，提出了將自己積累的戰功和以前沒有兌換的任務獎勵全部兌換掉的請求，并指明了想要學習的忍術。

　　剛繼任沒幾天的波風水門，很爽快的答應了神原真司的請求，同意讓他閱覽所提出想要學習的所有忍術，并且還答應了可以指導他學習飛雷神之術。

　　不過波風水門也對他提出了一個要求，即希望神原真司能加入他所新組建的直屬于他的暗部當中，擔任隊長之職，管理他所組建的幾支暗部小分隊，當然這其中不包括負責護衛火影的影衛隊。