可辦公室里空無一人，窗戶被人開了一角，風吹著桌上一份報紙簌簌作響。佐木上前一看，幾個大字躍然入眼，驚得他幾乎漏下了呼吸。
這是十年前的一份報紙，標題赫然是“來自地獄的種子！？”一件轟動世界的新聞涌上他的腦海。知名地理學家落安勇闖死亡沙漠，竟安全生還。落安聲稱自己進入異空間，還帶出了一粒種子。雖然這件事轟動了不少政府媒體，但堅信者不過寥寥數人。
佐木突然靈光乍泄，有了些方向。便急匆匆地往家趕。但他沒有注意到這鮮亮標題下的后一頁報紙，一張堅毅的臉龐。
當時許多生物學家抵不住誘惑種植并培育了這顆種子，最后得出的結論是，種子不來自地獄，而一定來自天堂——現代社會工業化生產，占用大量土地和資源，而這種樹木可以大量吸收二氧化碳產生氧氣，而生活環境要求不高，甚至在旱堿地也可以生存。這批生物學家“敢于吃螃蟹”，也因此成為了英雄勇士。該植物幾乎一夜之間代替了一般的綠化樹，當人們偷吃著逃避自然懲罰的禁果時，也賦予了它新名字——萬能樹。
人類真是愚蠢地精明。
佐木找對了方向，僅大半個下午便頗有成果。晚飯過后，佐木來到女兒的房間，他驚恐的發現佐暮身形更加得瘦削。他跌跌撞撞地跑到女兒床尾柜臺旁，拿了醫藥箱。顫抖的手摔下了醫用器具，看著女兒安詳熟睡的臉，他無法相信女兒也已染病。他發瘋一般跑到樓下，雙拳拼命擊打著那棵樹，樹皮滲透了他的血液，但一切都毫無起效。他用手擋住嗚咽的哭聲，回到了女兒身旁，輕輕撫摸女兒的頭發，哭著哭著睡倒在女兒身旁。
第二天清晨，“爸爸，爸爸～”佐暮抱著佐木的腦袋，用奶氣未脫聲音叫醒了父親。她甜甜的朝佐木笑著，兩個虎牙更是靈動，時而恍惚見到了自己的妻子。不為天下人，也當為幸存之人。
在接下來的三天里，佐木廢寢忘食，對病情原因進行了大膽推測，把研究報告整理妥當，并告知院長明日會呈上報告。在這三天里，佐暮的病情急劇惡劣，身體猥瑣變形，在夜里還念念有詞地往窗外爬。還好因為佐木看護頻繁，才阻止她從二樓摔下。
第四日，也是今天，他要把這些公之于眾，同時，他也會辭去工作，回到家盡心盡力地照顧女兒。
佐木拿著公文包，坐上車，便開往醫院。醫院院子里的萬能樹詭異的枝頭指向天空，而且樹上添了不少巨大的樹瘤。正是這樣！他的推理完全正確。女兒夜晚囔囔著“蜜”時和他臨走前四號病房病人的模樣別無二致。也通過小葉傳發給他的視頻資料了解到病人在夜晚偷偷爬上萬能樹，天明時漸漸與樹干融為一體，成為了亡靈樹的附屬物，臃腫的樹瘤。
亡靈樹還是來自地獄。它的身體不堪人類無度排放污染物，開啟了自我防護模式，不，應當是攻擊模式，透明的樹液是最為直接的感染源，加之患病者也可通過體液的接觸進行感染傳播。指數型的爆炸增長傳播，怕是無人能夠幸免，治療方法更不必提。
佐木感覺今日醫院有些異常，人少了許多。“佐老師，聽說你今天上班，之前那個人又來找你了。”小葉在辦公室門前跟佐木耳語道，說完便走向其他病房。佐木望望他的背影，開了門，一陣酒精味沖進鼻腔，佐木見到來者時不禁倒吸了一口涼氣。
“佐醫生，別來無恙啊，”堅毅又瘦削的臉龐，是落安，緊接著不等佐木回答，“聽說你找到了病情真相啊。”他向佐木逼近，佐木把公文包護在自己身后。
“當初都是誤會，我已經向你道過歉了，你還想怎樣?”
“你害死了我的妻子，怎么會是一句道歉就可以了結的?”
“哈哈哈哈，都去陪葬吧。”他接著說道，一手點開了打火機，信手一扔，唰的一下，火苗像連倒的多米諾骨牌，一旦開始，無法阻止。
火舌砥噬而來，吞咽了落安，向佐木襲來，為十年前的逝者哀悼。原來十年前，落安和他的妻子同在研究小組提出新論題，探索死亡沙漠，很多飛機經過此地會莫名失聯，附近居民也常受未知野獸攻擊。這份苦差事沒有一人想擔，最后決定以身體健康狀態作為考量標準。佐木是他們的體檢醫生，而結果是妻子得了不治之癥，最后在妻子的說服下兩人參加了該項目。考察過程中他們誤入了另一個空間，巨大的樹木吞食了他的妻子，他一人逃出，還帶了樹種。如果故事到這，或許情節線便是另外一個方向了，但事實不盡人意。
佐木因為時趕妻子妊娩，便疏忽了，落安妻子身體并無大礙，而不治之癥是誤診。落安死里逃生卻痛失妻子，在同事們的質疑之時得知這一消息，但她本不必離去的。于是他決定，要讓這粒不屬于這個世界的種子，重見天日。他聯系了記者，也拿出了那顆他稱為“來自地獄”的種子。復仇的最后一步，就是讓佐木消失，盡管會搭上自己的性命。
落安早在辦公室里灑滿了酒精，烈火一發不可收拾，貪婪地舔噬一切。落安帶著自得被大火吞沒，而佐木并沒有死在他的手里。佐木保持最后一絲清醒，用手捂著口鼻逃竄出來。落下的公文包孤零零地立在門口，小葉懷著激動撿起公文包，笑著對佐木轎車的一尾煙氣揮了揮手。他把這些研究成果作為自己的勞動，向世人公布。政府因此決定砍伐亡靈樹，阻止病情蔓延加劇。一棵棵亡靈樹相繼倒下，巨大的樹瘤噴發的血水浸染了整個世界。
然兩日不到，佐暮無法阻止地爬上了門前的亡靈樹，佐木失了魂般日日守在樹下，即使自己以看得見的速度不斷消瘦干枯也毫不在意。當專業人員來到這里要砍樹時，這一片區域的人同仇敵汰，樹上都是他們的家人，而且他們有權有勢，形成一股賴皮勢力。政府出于無奈，只好在十里開外建立圍墻，嚴格管控。
冬天熬過去了，春天臨近了。霹靂啪啦的聲響從樹上傳來，是包裹這的樹瘤皮在脫落，佐木興奮的站起身來，他的女兒要來了，他的心尖突突的疼，可他盡力挺直他的背脊，張開雙手，準備迎接。
“啪——”的一聲，一個白胖女嬰兒跌落，而亡靈樹的白花花的花絮卻冉冉而上。父親穩穩的接住了她，抑郁在心頭的血液從口中噴發，他跪在樹下，無了氣息。瞪大著的眼睛保存著欣喜的眼神，如果他還能看的到的話，會看到沒有心臟跳動的女嬰在濡食他的鮮血吧。